《碧蓝航线》的剧情讲述了未知敌人“塞壬”在海洋中出现，世界各大阵营在经历了各自为战所导致的惨败之后，希望通过联合组建第三方军事组织“碧蓝航线”夺回海域控制权的故事。然而，这一切的背后却隐藏着不为人知的阴谋。
游戏主要阵营分为：铁血 KMS、白鹰 USS、重樱 IJN、皇家 HMS等。
在《碧蓝航线》独特的即时海战模式下，各类舰装能够很好地展现其不同的作战方式(如五联装鱼雷可以同时发射出五发鱼雷进行攻击等)。
玩家在游戏中需要根据每种舰船的特点，选择每次出场的角色和战斗的阵型，并且需要根据游戏的进度，开发新的舰船或者对原有舰船进行改造和升级。
